این مسجد بزرگ منسوب به ملّااسماعیل اثرآخوند ملااسماعیل عقدایی ،متولّد ۱۱۸۸ هجری، ازعلمای یزد وفقهای مشهور سدۀ سیزدهم هجری بوده که درسال۱۲۳۰ هجری وفات کرد ودر مقبرۀ مجاورمسجد به خاک سپرده شد.   

آخوند ملّااسماعیل عقدایی مسجد را درعهد سلطنت فتحعلی شاه قاجار دریزد بناکرد. ملّااسماعیل عقدایی فقیه ای بوده به دیگران شباهت نداشت وهمتش بلند ومقامش ارجمند بود.

ازنظر فرم جزء مساجد یک ایوانی است که شامل سردر ورودی باشبستان بزرگ گنبد دار دوطنبی قرینه ستوندار است . ایوان بلند وگنبد دوپوششی پیازی شکل آن با مقرنس کاری آجری که تلفیق آجر با کاشی به صورت مقرنس (لانه زنبوری ) به زیبایی وشکوه این بنا جلوه خاصی بخشیده است. این مسجد از آجر وخشت خام یا ملاط گل وگچ ساخته شده و ازتزئینات ظریف کاشی کاری به دور است ، ولی تزئینات سردرها بیشتر با آجر انجام شده وتنها شبکه های کاشی کاری غرفه ها وکتیبه دور گنبد از کاشی لعابداراست که مربوط به دوران متأخّر است.

  مسجد ملّااسماعیل پس ازمسجدجامع ومسجدامیرچقماق ازهرجهت بر سایر مساجد یزد برتری دارد . این بنا از لحاظ معماری شبیه به بنای مسجد امیرچقماق است.

مسجد ملا اسماعیل در ضلع جنوبی خیابان قیام ، محله مصلی ،انتهای خیابان مسجد ملا اسماعیل واقع شده است .این اثر در تاریخ ۵ دی ۱۳۵۲ با شمارهٔ ثبت ۹۶۴ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.