امامزاده سید جعفر محمد (ع) یزد، ازجمله سادات و نوه‌ امام‌زاده «ابوجعفر محمد» منسوب به امام جعفر صادق (ع) می‌باشد که در اواخر قرن ۴ هـ.ش در شهر یزد دیده به جهان گشوده و طبق بعضی از شواهد در نیمه دوم قرن ۵ هـ.ش وفات یافته است؛ از آنجایی هم که ایشان سید محترم و گران‌قدری بوده، مردم شهر یزد بقعه‌ای تاریخی و عرفانی را به‌پاس یادبود وی بر سر تربتش بنا نهاده‌اند.

ضریح اولیه مرقد آن حضرت در ابتدای امر، چوبی بوده که سال ۱۳۵۹ هـ.ش بازسازی و تعویض گشته است. آستان مقدس امامزاده سید جعفر (ع) یزد هم‌اکنون شامل حرم، مسجد و دو شبستان قرینه غربی و شرقی، با گنبدی بزرگ و متصل به حرم می‌شود.همچنین آستان امامزاده سید جعفر (ع) مجموعه‌ای متشکل از بخش‌های اداری، زائرسرا، مرکز فرهنگی و قرآنی، سالن آمفی‌تئاتر، پارکینگ و... می‌باشد.

در صحن ورودی بقعه، آرامگاه تعدادی از شهیدان همیشه جاوید قرار گرفته که فضای صحن را روحانی‌تر نموده و به زیبایی آن افزوده است.

این زیارتگاه مجرب در بلوار جمهوری یزد واقع شده است.