بقعه سید شمس الدین مربوط به سدهٔ ۸ است و در یزد، محله چهار منار، جنب حوض ملتکیه واقع شده است. بقعه سید شمس  الدین (مدرسه شمسیه) یکی از چند بنای تاریخی دوره ی ایلخانی می باشد که به دستور سید شمس الدین فرزند سید رکن الدین جهت تحصیل علوم دینی در سال ۷۳۳ ه .ق در محله چهار منار یزد برپا شد و بعد ها پس از وفات این عارف و عالم نامی ، به مقبره وی تبدیل گردید.

اهمیت این بقعه مرهون تزیینات گچ بری و نقاشی های چشم نواز و نیز کتیبه نقش برجسته آن می باشد که تا به امروز باقی مانده است.

 از ویژگی های عمده بنای باقی مانده ، تزیینات مجلل آن است که با دیگر بناهای هم زمان خود در یزد قابل مقایسه است. سطوح سر در ایوان و طاق گنبد  نقاشی شده و گچ بری برجسته دارد ، که شبیه تزیین اتاق گنبد حضرت امام زاده سید رکن الدین (علیه السلام) است.

 ولی در اینجا طرح های بسیار متعدد و مقیاس بسیار دقیق اجرا شده است. نمای سر در ایوان و طاق نماهای صحن نیز دارای تزیین کاشی کاری کامل می باشد که از لحاظ سبک با مسجد جامع یزد یکسان است. در وسط سقف بقعه ، ترنج بزرگی نقش بسته و در گوشه های سقف گل و بوته هایی زیبا ساخته شده و کتیبه ای به خط نسخ و کتیبه ای دیگر به خط کوفی بر روی زمینه آبی رنگ باقی مانده است. قطار بندی و مقرنس کاری و تزیینات درون سقف آن از لحاظ هنری جالب و از خصوصیات خاصّ این بناست. هسته مرکزی بقعه که شامل چهار صفّه بسیار بزرگ و قطور است که گنبدخانه بقعه را تشکیل می دهد و دارای گچ بری و نقاشی های بسیار زیبا و شکوه مند و خیره کننده می باشد.

این اثر در تاریخ ۳۱ تیر ۱۳۱۳ با شمارهٔ ثبت ۲۰۸ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.